Con la promulgación de la Carta Magna de 1991 nace la Fiscalía General de la Nación y empieza a operar el 1º de julio de 1992. Es una entidad de la rama judicial del poder público con plena autonomía administrativa y presupuestal, cuya función está orientada a brindar a los ciudadanos una cumplida y eficaz administración de justicia.
La Fiscalía General de la Nación, se encarga de investigar los delitos, calificar los procesos y acusar ante los jueces y tribunales competentes a los presuntos infractores de la ley penal, ya sea de oficio o por denuncia.
La investigación de oficio se realiza por iniciativa propia del Estado y la investigación por denuncia cuando existe un tercero es víctima de un delito e instaura la denuncia ante alguna de las autoridades competentes (comisaría, inspección de policía o Unidad de Reacción Inmediata de la Fiscalía, URI).
La Fiscalía General no juzga a los presuntos autores o partícipes de un delito. Esta función corresponde, previa acusación de la Fiscalía, a los jueces y tribunales de la República. Estos de acuerdo con las pruebas practicadas en la investigación y el juzgamiento, condenan o absuelven a los acusados. En el primer caso indican la pena a que debe someterse el sentenciado.
La Constitución Política de 1991 en el artículo 267 define que el control fiscal es una función pública que ejercerá la Contraloría General de la República, la cual vigila la gestión fiscal de la administración y de los particulares o entidades que manejen fondos o bienes de la Nación, convirtiéndose en el máximo organismo de Control Fiscal en Colombia.
La Constitución Política colombiana precisó la naturaleza jurídica del Ministerio Público: Es un órgano de control, autónomo e independiente, que funciona bajo la dirección suprema del Procurador General de la Nación. El fundamento del Ministerio Público es el carácter de Estado social de derecho que predica el artículo 1º de nuestra Constitución, cuando alude a los valores fundamentales de la nacionalidad, de la familia y de la persona humana como soportes de una sociedad justa, solidaria y digna. El control encomendado al Ministerio Público está orientado a la defensa de los intereses del Estado y de la sociedad. Es así como su amplio radio de acción se proyecta a todos los organismos y entidades oficiales, sean de nivel nacional, departamental o municipal, e incluso a los de carácter particular que ejercen funciones públicas.
Es una entidad del sector público creada para determinar las políticas, principios y normas sobre la contabilidad que deben regir en el país para todo el sector público. Sus principales funciones son: Llevar la contabilidad general de la Nación, conceptuar sobre el sistema de clasificación de ingresos y gastos del presupuesto general de la Nación, señalar y definir los estados financieros e informes que deben elaborar y presentar las entidades y organismos del sector público, elaborar el Balance General de la Nación para que el país tenga conocimiento del manejo del presupuesto nacional.
La Oficina de Control Interno fue creada mediante el Decreto 2113 de 1993, con el fin de asegurar la eficiencia y eficacia del funcionamiento del Sistema de Control Interno y de Gestión del IGAC. Se constituye en el control de controles por excelencia ya que en su función evaluadora determina la efectividad del sistema de control de la entidad, con miras a facilitar a la alta dirección la toma de decisiones que reorienten el accionar administrativo hacia la consecución de sus fines.
Tiene como propósito adelantar las investigaciones disciplinarias contra funcionarios y ex funcionarios de la entidad. El proceso disciplinario se rige por el Código Disciplinario Único (Ley 734 de 2002). El control Interno Disciplinario del IGAC se organiza mediante la Resolución 207 de febrero 13 de 2004, modificada por las Resoluciones 49 de enero 24 de 2007 y 415 de junio 18 de 2008.